企業にメールで応募書類を送る場合、指定のファイル形式(Excel、Wordなど)が無い場合はPDFで送るようにしましょう。
理由は2点
1点目：ソフトのバージョンや互換性の問題を回避するため
ExcelやWordのオフィスソフトはExcel2010,Excel2007,Office Macなど、同じExcelでも数種類のバージョンがあります。基本的に大きなズレは出ないですが万が一のことを考えてPDFにしておいた方が無難です。
また、受け取る相手がOfficeソフト(Excel、Wordなど)をインストールしておらず、Officeソフトと互換性のあるソフト(Open OfficeやWPS Office)を使用している場合は、表示のズレが出る可能性は高くなります。
PDFファイルであれば、大抵どのパソコンでも開くことができ、PDFファイルに保存したままの形で表示されるので、表示ズレの心配はほとんど必要ありません。
2点目：応募書類の改ざん回避のため
ExcelやWordのファイル形式だと、受け取った側でファイルの内容を編集することができます。余程、ひどい会社でなければファイルの改ざんは考えられませんが、念には念を入れてPDF形式の方が安心です。
ただし、PDF形式でもPDF編集ソフトがあれば編集することは可能なので100%未然に防ぐことはできませんが、Excel、Wordのファイル形式よりかは確率は低くなります。